在小智离开真新镇的时候看到了凤王，当他下意识往凤王的方向跑时一支凤翎飘到他面前，小智抓住那支凤翎，他仿佛听到凤王对他说：“我祝福你！孩子！”当小智回过神来的时候凤王消失了。
后来他在收服蚊香蝌蚪后遇到了华蓝市水系道馆的小霞，在遇到小霞的时候收服了被迫进化的红色暴鲤龙，小智用自己的波导和四季小鹿（伊莲恩）的芳香疗法平复了暴鲤龙的心情，并在之后慢慢调理好了红色暴鲤龙的身体，交流后小智得知是红色暴鲤龙是雌性就取名为露比，而露比也很喜欢小智取的名字。
收服露比以后小智见到了龙天王—渡，而渡发现当自己一出现的时候眼前这个男孩子眼神从刚才的喜悦变成了警惕，小智虽然猜测是龙天王—渡但还是警惕的看着突然出现的男人：“你是谁？”小霞认出了渡：“你是不是四天王的渡？”渡微笑的说：“你们好！我是渡！”小智微微放松下来：“你好！渡先生！我是真新镇的小智。”渡欣赏的看着小智：“小智君，刚才你是怎么做到的？”小智微笑的说：“我只是比平常人多了些东西而已！”渡好奇的看着小智：“哦？多了什么？”小智微笑的说：“波导！”渡愣了一下，小智没有再说什么看着渡思考着什么，他记得前世看过一篇同人人里描写的故事，因为同样穿越成小智的人力量过于强大而招来杀身之祸。
在尼比市挑战后和父亲回来决定出去旅行的小刚一起结伴开始石英联盟的旅行，小智知道常盘市的道馆训练家是火箭队的BOSS板木，他小心应付拿到了常盘徽章。
在旅行的路上，小智想去华蓝市挑战但是小霞不让于是COSPLAY福尔摩斯分析了小霞的事情，小智给了小霞回家的台阶后三人一起来到了华蓝市，小霞的三位姐姐解释被之前来挑战的人打的很惨，小智则表示可以等待，在询问有什么活动的时候得知米库利大师来华蓝市宣传华丽大赛的时候眼睛亮了。
在华丽大赛的当天，小智用露娜以第一名的姿态进入了第二次审查，而第二次审查小智用护子虫（伊芙）和导电飞鼠（绮丽儿）赢得了胜利，在比赛结束以后米库利大师的助理给了小智一张纸条，小智在华蓝市水系道馆里见到了米库利大师，小霞和她的三位姐姐还有小刚都很惊讶小智居然和米库利大师认识，米库利大师跟华蓝市水系道馆借用场地让美纳斯休息，小智放出自己的神奇宝贝让他们自己玩，小智和米库利大师聊到今天的比赛，米库利大师对小智这些年的进步很感叹，米库利大师问小智：“小智，你打算用水之石让伊布进化成水精灵吗？”小智摇摇头：“水之石我另外有用，伊布的话我想等去新奥挑战新奥联盟的时候去切峰市让他进化成冰精灵！”小智看着自己的神奇宝贝和美纳斯玩的开心的样子说：“我想我还是会遵从伊布自己的意志吧！”米库利大师看着小智露出淡淡的微笑。
后来华蓝市水系道馆的神奇宝贝都回来了，小智险胜拿到了水滴徽章。
后来小智在正辉灯塔安抚了古代快龙的怒气，收获了快龙留下的一堆龙鳞，把其中一片龙鳞送给了小霞，告诉她海刺龙携带龙鳞，可以进化成为海马龙，这种水系加龙系的小精灵，高兴不已的小霞，决定有机会的话，一定要去抓一只墨海马——没有想到的是，后来很快就实现了这一愿望，而且有了通过远古快龙龙鳞进化的海马龙，小霞在成为水系大师的路上，好走了不少。
知道枯叶市的马志士总是下手不知轻重，小智决定在打败他之后，好好的劝解一番——这样子，说不定他会改正过来。就算他不听，那也算了，到时候肯定会有人反应到联盟的，到时候联盟的人肯定会勒令他改正自己的战斗作风的。
这次的道馆比赛，小智为了能够让他心服口服，小智并没有使用别的精灵，而是专门派出了皮卡丘来对抗马志士的雷丘。
比原著之中那个时候更强的皮卡丘，很轻易的就打败了马志士，并且在告知了马志士那些小精灵的情况并劝导之后，马志士终于开始公开道歉。这让小精灵中心的乔伊小姐十分的欣慰，同时知道是小智的功劳之后，送给了他一个电气珠，说是作为他帮忙的奖励。
对此，小智格外的高兴，在枯叶市，小智使用电气珠帮助皮卡丘再次的特训了一段日子之后，再次的踏上了旅程。
小智赢得了黄金徽章并且开导了道馆训练家娜姿，在彩虹市的一家游戏中心里通过最高点数换了3D龙还有剩下的点数换了一只迷唇娃，赢得了彩虹徽章后收服了一只装天然呆却很腹黑的可达鸭、收服了三只同时出生的伊布，在一座山里的古宅里安抚了十尾的心灵后得到了一只九尾的蛋，让小智不解的是九尾一直不肯孵化，九尾一直散发出害怕的信息，在小智温柔的安抚下终于孵化出来，孵化出来后就很黏小智，导致每次从精灵球里出来都跳到小智怀里撒娇一番。
小智在粉红道馆赢得了粉红徽章，有七枚徽章后小智他们的旅行步伐放慢下来，小智决定去红莲岛，向夏伯挑战，取得深红徽章。
小智他们便在一阵紧赶慢赶中，到了野生原野区。
在这里，火爆的凯撒先生一阵枪林弹雨给他们来了一个别开生面的欢迎仪式，小智无语的看着前面手忙脚乱的两个人，满头黑线。
幸好自己提前放出了露娜，并让他用保护防御好了，否则自己也要倒霉吧。
一番兵荒马乱之后，小智等人各带着30个原野球，进入了野生原野区。
小智收服了十只肯泰罗有助于研究所的外围防护，在打算离开的时候发现了一只尼多朗和另外一只尼多朗挑战了尼多家族的规则，小智让露娜帮忙打退尼多后，小智跟两只尼多朗交谈后收服了两个小家伙，后来小智收服了一只闪过小火马，小智把一只健康的尼多朗留下把另外一只虚弱的尼多朗和十只肯泰罗一起传回大木博士研究所，他让大木博士调理好尼多朗的身体。
小智在彩虹谷阻止了火箭队的阴谋，从那以后火箭队三人组开始追着小智。
在史顿镇的时候小智按照剧情找到伊布四兄弟太一的伊布，在三位哥哥逼着太一选择进化石的时候小智告诉四兄弟伊布有七种进化型，这样让太一有了其他的选择，三位大哥为了感谢小智送给了他一整套的进化石，小智拿出火之石、水之石还有电之石对四位兄弟说：“为了感谢你们的招待，我和我的伊布们也送份回礼给你们！”四兄弟疑惑的看着小智，小智来到宴会的空地上时所有的人都看着他，小智微微一笑：“为了感谢主人的招待，我送份回礼给伊布四兄弟！”说完就抛出三个精灵球：“伊布们！Readyup！”三只可爱的伊布出现在现场，小智指挥：“钢铁尾巴！”三只伊布的尾巴互相撞击了，小智发出指令：“觉醒力量！”三只伊布围在一起发出了觉醒力量，这个时候小智抛出火之石、水之石还有电之石：“进化吧！”三只伊布分别咬住火之石、水之石还有电之石进化成了火精灵、水精灵和电精灵，四兄弟惊讶进化居然可以用这么华丽的方式表演，雷藏先回过神来说：“小智，我们都没想到进化可以这么华丽！”小智笑着说：“其实我是想参加华丽大赛的时候用的，只是关东的华丽大赛没什么挑战性。”二哥阿奇也回过神来：“三位一体，很棒啊！你的伊布是怎么训练的？”小智摸了摸三只伊布的头：“其实这三只是同时从精灵蛋里出生的，先天就有很好的协调性。”三哥蓝上前：“真的没想到居然可以看到三位一体的进化。”太一抱着自己的伊布上前：“小智哥哥，我的伊布也可以进化成漂亮的进化型吗？”小智点点头：“可以啊！太一，我给你一个建议，你试着培养你的伊布进化成太阳精灵吧！”太一疑惑的看着小智：“为什么呢？”小智解释：“我想我的露娜的进化型是恶系的你不会喜欢，而冰精灵和叶精灵要去新奥比较麻烦，超能力系的太阳精灵会适合你！”太一想了一下：“嗯！就太阳精灵吧！”小智揉了揉太一的头说：“你要在白天跟伊布多交流哦！”太一听从了小智的建议，太一的伊布在不久后进化成了太阳精灵，伊布四兄弟名符其实了。
小智在大傻谷收服了化石盔、镰刀盔、菊石兽、多刺菊石兽、化石翼龙和无意中发现波克比的蛋，小智把化石盔和多刺菊石兽送给了小霞，波克比在小智照顾下孵化了。
波克比出生以后就可以看到每次把九尾从精灵球里出来瞪着呆在小智怀里的被他取名为辛蒂瑞拉的波克比而波克比（辛蒂瑞拉）一脸纯真的看着九尾（福瑞），九尾耷拉尾巴走到一边，在小智、小霞还有小刚每次看到这一幕都笑到不行。
在轻松的气氛下小智一行人来到了红莲岛，在发生一连续的事情后小智终于拿到了深红徽章。
小智计算了一下时间还有多余就决定回家，小霞和小刚也决定回家看看。
在路上小智收服了一只吸盘魔偶打算在他不在家的时候陪伴妈妈，小智回来休整让花子妈妈很开心，小智拿出一个精灵球给花子妈妈，花子妈妈疑惑的看着他，小智放出吸盘魔偶对妈妈说：“妈妈，他叫魔魔！是我在回来的路上收服的，这样我不在的时候你不会太孤单！”花子妈妈很开心的收下了，小智对吸盘魔偶说：“魔魔，以后我不在的时候要帮我照顾妈妈哦！”吸盘魔偶点点头：“吧哩~”给自己的神奇宝贝做训练并且决定了去参加大会的神奇宝贝，小智在大木博士后山训练的时候无意中收服了一只闪光壶壶而且他在旅行中成为小精灵护林员，在小智和小霞、小刚约好去石英高原时间后，小智的波克比（辛蒂瑞拉）已经进化成波克基古，他安排波克基古用在路上认识的小明地方得到的光之石进化成最终进化型波克基斯。
可是让小智没想到的是他以为板木没有制作超梦但是小智想错了，板木制造了超梦而且还激怒了他。
小智收到板木邀请以后到了那里，安抚了超梦后小智的波导之力消耗了大半，超梦问小智：“对你来说神奇宝贝是什么？”小智微笑的说：“是朋友、同伴！”超梦在离开以后又回来没说什么进入了小智的神奇精灵球里，小智放出超梦疑惑的问：“为什么？”超梦淡淡的说：“没什么！只是我相信你！为了那些孩子的安全我消除了除了你以外其他人对我的记忆并且安排好了那些孩子！”小智笑着说：“我答应不到万不得已绝对不会让你战斗！”超梦有股暖流在心里，小智也遵守这个承诺。
小智他们石英高原的联盟大赛，小智得到了第二名的成绩后，小智告诉小霞和小刚小田卷博士希望他能去芳缘协助他进行神奇宝贝的研究，小霞表示不放心三位姐姐而小刚也表示了想回家看看。
小智在家里休息一段时间以后带着皮卡丘、露娜、路利奥和伊布还有波克基斯来到芳缘地区小田卷研究所协助小田卷博士，在这段时间皮卡丘、露娜、路利奥和伊布还有波克基斯得到充分的休息而且伊布进化成了太阳精灵。
在刚到小田卷研究所的一段时间，小智让自己的3D龙2帮忙小田卷博士处理了很多的研究资料他过的很充实上，可是在第五天的满月日当小智正在欣赏月色的时候被一个光球包裹他见到了创世之神—亚尔修斯，小智惊讶的看着亚尔修斯而亚尔修斯对小智说：“孩子，对不起！”小智从惊讶中回过神来：“为什么要跟我道歉？”亚尔修斯说：“在小智还是胎儿的时候她的母亲受到了神奇宝贝的攻击孩子受到了伤害，虽然后来保住了但是却没有灵魂，小智是我们这个世界的支柱所以我把你拉了过来！”小智笑笑说：“没事！能真正的学习和认识神奇宝贝我很开心，只是我想问一个问题，为什么之前我会以灵魂的形式出现在XX城？”亚尔修斯说：“那是因为当时小智的母亲生命垂危，我虽然可以帮她恢复些许健康但是我担心有出什么意外。”小智明白了想起一个问题：“亚尔修斯，你不是应该还在沉睡吗？”亚尔修斯说：“这是我想找你的另外一件事情！迪亚鲁加和帕鲁奇亚因为我即将苏醒所以.......”小智明了：“跟‘剧情’一样开始打架了！”小智放松下来调侃亚尔修斯：“迪亚鲁加和帕鲁奇亚真的是被称为神的神奇宝贝吗？一点脑子都没有！”亚尔修斯没有把小智的调侃放在心里：“所以请你帮忙，一会我送你去阿拉莫斯镇找一个拥有‘奥拉席翁’这首曲子的女孩子，拿到那首曲子我会送你一支笛子再送你去反转世界，你在那里吹奏，平复他们的心情还有伤势。”小智点点头：“好！不过，小田卷研究所那里？”亚尔修斯说：“我制造了你还在的假象，而且我把这里的时间和反转世界的时间暂时调成48比1。”小智放心了：“好了！送我去阿拉莫斯镇吧！”亚尔修斯把小智送到阿拉莫斯镇。
小智马上来到时空之塔并且很快找到艾莉丝，艾莉丝在听了小智的要求下大方的把‘奥拉席翁’交给小智，小智带着曲子离开艾莉丝的时候感觉到什么，看着艾莉丝离开后小智用波导跟隐身的达克莱伊说：“你有你保护的，而我有我保护的！”达克莱伊看了小智一眼随着艾莉丝离开了。
亚尔修斯观察着小智的进展，看到小智拿到曲子跟达克莱伊交谈以后很快的就趁着没人注意，将他带到反转空间亚尔修斯在小智耳边说：“可以开始了用波导吹奏吧！”凭空出现一支精致的笛子，小智看了几分钟的谱子运用波导吹奏起来，悠扬的笛声让迪亚鲁加和帕鲁奇亚恢复了平静身上之前受的伤也恢复了，小智在吹奏的时候留意到了原本紧张的心轻松下来，骑拉帝纳出现对小智说：“谢谢你！人类！”小智放下笛子说：“不用谢！反转世界和现实世界是相连的，反转世界坍塌现实世界也危险了！”骑拉帝纳笑着说：“还是感谢你，被凤王祝福的孩子！”小智这个时候才注意到自己变成了前世的样子，骑拉帝纳把小智送回了现实世界而亚尔修斯的假象也消失了，研究所的人都以为小智在附近观察神奇宝贝。
不是因为口袋里的笛子小智以为这一切都是梦，亚尔修斯再次出现在小智面前：“小智，谢谢你！”小智笑了笑：“不用谢！我想问为什么我在反转世界的时候会是我前世的样子？”亚尔修斯解释：“这是我送给你的礼物，在你发怒的时候或者在反转世界就是变成你前世的样子，这是你灵体的样子。”小智愣了一下：“谢谢！”从口袋拿出那支笛子：“这个还给你！”亚尔修斯摇摇头：“这个送给你！以后你用的着！”小智没有拒绝收下了，他想起一个问题：“亚尔修斯，我是这个世界支柱对吗？”亚尔修斯似乎明白了什么：“是！你担心的事情不会发生，如果一旦你遇到什么危险我会让凤王去帮你！”小智微笑的说：“谢谢你！亚尔修斯！”亚尔修斯说：“我再送一个守护神、一只亚神兽和一个礼物给你，亚神兽你已经得到了！”小智愣了一下：“超梦？”亚尔修斯点点头：“是的！虽然那个孩子是人类制造出来的，但是他也是亚神兽了！”小智微笑的没再说什么，他看着亚尔修斯消失的身影。
小田卷博士带着小智去了橘子群岛调查橘子群岛的神奇宝贝，大木博士也托小智到岱柑岛内木博士那里拿一个特殊的精灵球，小智决定挑战橘子群岛的橘子联盟，小田卷博士第一次见到了一个在神奇宝贝战斗的时候可以很热血也可以很冷静的孩子，在小智拿到那只特殊的GS球之后没多久在岱柑岛附近收服了一只乘龙还有在碰柑岛遇到了阿功和他的妹妹帮助他们找到了水晶大岩蛇，在阿功收服失败后小智成功收服了那只水晶大岩蛇，让阿功很惊讶的是小智只是在那里站了一会水晶大岩蛇自己进入小智的精灵球里，小智甚至还收服了原著里应该是小霞收服的太阳珊瑚，当他和小田卷博士遇到一个名叫优子的女孩子的时候知道亚西亚岛上的洛奇亚“剧情”上演了，小智听到亚尔修斯告诉自己海之神还有冰之神、火之神、雷电之神有麻烦了，小智心电感应告诉亚尔修斯会帮忙解决的，他成为了岛上所谓的“指挥家”，在急冻鸟、火焰鸟、闪电鸟打架的时候拿出亚尔修斯送给他的笛子吹起‘奥拉席翁’暂时平复了三神鸟的情绪，原著里的收藏家也出现了，于是小智波导和亚尔修斯赐予的力量大开，三神鸟感觉到了亚尔修斯的力量臣服下来开始攻击那个伤害自己的人类，一切都结束以后小智回到亚西亚岛上请求岛上的记者不要把这些播出去，记者们表示一定不会播出的。
在小智和小田卷博士离开亚西亚岛的时候急冻鸟找到小智表示愿意跟随，可是小智提出顾虑而急冻鸟告诉小智自己有继任者只是需要训练一段时间，小智表示让急冻鸟先训练继任者再来找他，急冻鸟提出先收服自己于是小智拿出在关东挑战的时候得到的大师球把急冻鸟收服了，他又把急冻鸟放出了让他完成自己该完成的事情，小智也明白了亚尔修斯说的守护神是指急冻鸟。
小智得到四枚贝壳徽章以后挑战了橘子联盟的首席训练家勇次，小智最后赢得了勇次进入胜利的殿堂资格，整场比赛简直是小智的华丽大赛训练，华丽又强大的招数让勇次难以招架，勇次看着胜利的殿堂里小智的照片决定到外面闯闯，他从跟着小智一起来的小田卷博士那里知道小智现在在芳缘，现在正在休整等小智休整好以后会挑战芳缘联盟，从此小智多了一位劲敌。
小智和小田卷博士来到水之都调查传说中的无限神奇宝贝拉迪亚斯和拉迪欧斯，小智参加了水之都的水上比赛用太阳珊瑚得到了冠军，之后发生了很多的事情小智认识了传说中的拉迪亚斯和拉迪欧斯还有守护两只神奇宝贝的家族的人，（详见番外）水之都的心之水滴按照原著被小偷双胞胎姐妹花给盯上了，可是让小智意想不到的是那对双胞胎姐妹的背后BOSS居然是新奥神奇宝贝猎人首领[J]，而[J]不但想要心之水滴甚至还想抓到拉迪亚斯和拉迪欧斯，小智看到[J]拿到心之水滴后又想抓拉迪亚斯和拉迪欧斯时忍不住出手了，[J]到最后居然摔碎了心之水滴，小智用亚尔修斯送给他的笛子呼唤洛奇亚寻求帮助，洛奇亚告诉小智锻造新的心之水滴的方法并告诉他这么做的后果，而小智只是微笑的对拉迪亚斯和拉迪欧斯传递着什么，小智用自己身上的波导还有亚尔修斯赐予的力量凝结成新的心之水滴，小智把新的心之水滴交给这代守护拉迪亚斯和拉迪欧斯的卡侬后昏了过去，醒来后拉迪亚斯和拉迪欧斯告诉小智自己决定跟着他，小智在问候卡侬的爷爷XX后才拿出两只神奇精灵球收服他们。
从橘子群岛回来以后小智又开始训练神奇宝贝和修炼自己的波导之力直到一天名叫小遥的女孩领取新人小精灵的时候小智看到小遥迷茫的样子，他向小遥提出一起去旅行的邀请，小遥问小智：“为什么？”小智笑着说：“我看的出你很迷茫所以想帮帮你！”小遥第一次感到温暖，小智继续说：“芳缘地区除了联盟大赛以外还有华丽大赛，我要先去唐下道馆挑战再去XX镇参加华丽大赛，你看看我的道馆赛还有华丽大赛再做决定吧！”小遥听到唐下道馆的时候愣了一下，对于小智在迷茫时候给予意见小遥决定听从，但是唐下道馆............
小遥选择了火稚鸡和小智来到唐下市，到了唐下道馆以后才“得知”原来小遥是唐下道馆训练家千里的女儿，小智在饭后进行了道馆赛，第一场按照原著千里派出了过动猿而小智派出了路利奥以静止动，赢得了第一场，第二场千里派出请假王而小智派出了波克基斯（辛蒂瑞拉），千里惊讶看着优雅对请假王行礼的波克基斯（辛蒂瑞拉）问小智：“小智，这只神奇宝贝是？”小智淡淡的笑了一下：“波克基斯，我叫她辛蒂瑞拉”波克基斯（辛蒂瑞拉）对千里行礼：“波克~基斯~”请假王连续进攻都被波克基斯（辛蒂瑞拉）化解最后被波克基斯一击波导弹失去战斗能力，千里收回请假王说：“你可以拿徽章了，还要比下一场吗？”小智看了一眼一旁小遥弟弟小正摇摇头：“不用了！”小正站起来问小智：“为什么？怕输给我爸爸吗？”小智叹了一口气，小正以为小智瞧不起他就拿了千里的懒人翁精灵球：“我跟你比！”小智摇摇头：“好吧！别后悔！”小正虽然跟懒人翁一起长大很了解懒人翁的招式，可是小智是参加过联盟大赛的人，在皮卡丘的一击电球下懒人翁失去战斗能力。
小智揉了揉小正的头说：“我知道千里先生在你心里的位置所以.......”小正抬头看着小智说：“对不起！”小智笑着说：“没关系！”千里惊讶小智心智的早熟。
小遥和小智要去旅行的时候小正提出要一起去，小智在千里夫妇同意的情况下应允了。
在路上小智收服了好战的傲骨燕遇到了出来旅行的小刚，四个人开始旅行。
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