第三新东京的某条道路上，NERV的葛城美里大尉正在路上驱车狂奔当中，同时还在念叨：“糟糕了……偏偏在这个节骨眼上迷了路……真是伤脑筋啊……要是再不快点找到真嗣的话，这样子会对作战造成危害的……”
城市的另一边（！）的车站里，美里所说的名为真嗣的那位少年正在空无一人的地方等待着。
“奇怪……等了这么久了，美里小姐怎么还没来啊？”
警报的声音再度响起。
真嗣对自己说：“刚才听到警报，城里头好像发布了‘非常紧急事态宣言’的样子。没办法，总之先到避难所去吧。”
真嗣迈出脚步要离开这里的时候，心里又疑惑起来：“爸爸，你到底要我作什么呢？明明就已经好几年没有理会过我了……为什么现在才突然要来找我？”
突然地，真嗣的附近发生爆炸，第三使徒水天使来到这里。真嗣大吃一惊：“啊——那、那个是什么啊！？
同时在NERV本部，操作员之一的日向报告道：“联邦军的损耗率超过90%，残存部队已经开始撤退了。目标、依然朝本地前进中。”
青叶继续报告：“距离目标抵达本基地装甲板上方的时间、还有500秒。”
冬月副司令就此判断道：“看样子联邦军已经放弃了。”
碇司令认同这种判断：“嗯。就算联邦军使用EOT兵器，要想完全打倒使徒仍然是不可能的。”所以紧接着命令道：“全员进入第１种战斗配置。立刻准备对地迎击战！”
此时极东支部内部正为了如何对付使徒而忙得焦头烂额，联邦军兵报告：“目标依然健在！”
冈长官有些愤怒却又很无奈：“可恶，还是阻挡不了使徒前进吗！？”
“不管是导弹还是轰炸爆破都完全没有效果！”
冈长官联络刚刚到达的亚伽玛号：“布莱特中佐，不好意思，可能要你们出动了。拥有许多超级机器人的你们，或许可以把‘使徒’打倒也说不定。”
布莱特接受了命令：“我知道了。那么，关于‘使徒’的相关情报……”
提到这个，冈长官只能摇头：“很遗憾……关于‘使徒’的真面目、能力、来历等等情报……目前我们完全一无所知。唯一可以确定的是，‘使徒’的目的地是正在建设当中的‘第3新东京’，请各位直接到该地进行迎击吧。”
布莱特虽然还是有些疑惑但是答应了下来。
亚伽玛号到达的同时，EVA零号机已经出动了，但是当时行动就感觉非常勉强的样子，用枪朝使徒开火，也是没有什么效果的感觉。而使徒也对这种不痛不痒的攻击毫不在乎，继续向前走着。
“和之前的感觉一样，没有机械的感觉。”甲儿看着眼前的使徒说道。
“真要说的话，它给我的感觉更像是一种‘生物’……”卡缪说出自己的感觉。
念动力者的楠叶也有些奇怪：“感觉到了，它好像在找什么东西？怎么会，难道它是有智慧的……”
我正在四处张望：“在我的记忆中……辅助的电子脑中有完整的资料？是从某个平行世界里得到的？看来母亲下足了功夫……第三使徒水天使……击败它的是EVA初号机，咦？可是现在初号机在哪里？为什么只有零号在？”
“你在找什么？你好像知道什么？”观察力敏锐的隼人发现我的举动就问道。
我连忙掩饰道：“没……没什么，只是我想NERV不可能只拿出那么台病怏怏的东西出来，如果他们是专业的话，一定还有后手。”一边说一边指着那台行动越来越不正常的EVA零号机。同时我方的超级机器人们陆续冲向使徒……
我指的实际存在的后手——真嗣现在刚刚被美里接到车上。
终于遇到一个可以说话的人了，真嗣马上就把心中的疑惑倒了出来：“葛城小姐，那个怪物到底是什么东西啊？这里到底发生什么事了？”
美里回答道：“叫我美里就可以了。不用担心，现在的情况比刚才好多了。”
真嗣对此非常不解：“是、是吗……？”
美里继续说：“没错。那个怪物的名字叫作‘使徒’，是我们全人类的敌人。”
真嗣很吃惊：“使徒？全人类的敌人？”
美里简单说了一句：“详细的情形待会儿再说明，总之我们先到NERV本部去吧。”同时猛踩油门，车子突然加速狂奔起来。
可是真嗣还有一肚子疑问：“NERV？”
“NERV是直属于联邦的非公开机构，而我就是那里的所属人员。”
“我的父亲也在那里吗？”
美里点头：“是的，你知道你父亲的工作是什么吗？”
真嗣非常不确信地回答：“听老师说……好像是保护人类的重要工作之类的……”突然脸色一变，“我们现在……要去爸爸那里吗？”
美里回答道：“没错！”
真嗣变得胆怯了：“爸爸他……找我有事吗？”
美里感到这个问题奇怪，父亲要见儿子，儿子却要问为什么，这也太奇怪，除非双方的关系坏到一定程度了。
真嗣却一口咬定了：“一定是有的吧……不然的话，他也不会专程写信给我……反正他跟我也没有什么话好说……”
这下是美里确认了自己的想法：“原来如此，你不习惯面对自己的父亲吧？其实我也是。好了，我们快走吧，趁丽还有办法为我们拖延时间的时候，我们得赶快回本部才行。”
此时的战场上，“可恶，火箭飞拳也被弹开了吗？那么看这招，飞翼侧击！”甲儿有些着急了，操纵着魔神Z向使徒冲过去，但是还没有碰到对方的身体就被那看不见的屏障挡住，同时使徒伸出了一只手抓住了魔神Z的脑袋。
“糟了，这个地方不正好是最薄弱的地方吗？”
“让我来！神鸟变形！”洸高喊道，同时莱汀变形为一只红色的大鸟，“神鸟冲击！”红色的大鸟开始不断加速，向使徒冲了过去，受到剧烈撞击的使徒松开了魔神Z，那个屏障竟然被突破了。
EVA零号机内，丽看到这个意外的情景操作着机体想要再度起身，但是使徒又突然一击，将其打倒。
“怎么回事？感觉这台机器人似乎很痛苦？”作为NT的胡索突然说道。
“NERV的迎击武器也不行了吗？”阿姆罗感叹道。
“已经出现回流现象，得马上回收！”NERV本部里律子大声地喊道。
此时使徒还想要攻击零号机，突然超电磁侠V冲出来，双手向前平举：“超电磁龙卷风！”强大的电磁能量将使徒带到空中并固定在那里。趁此机会EVA零号机被地面升降机平安带回地下。
“超电磁针钻！”超电磁侠的双手举过了头顶并变成一个巨大的钻头，整个机体一边回旋一边冲向了空中的使徒，即使是被固定了，那个使徒还是有屏障来抵挡攻击，然而电磁侠的这个招式也成功地击穿了屏障命中其本身。
使徒被电磁侠穿透了身体之后重重地摔在了地上，正当众人都认为成功的时候，它却在众人惊愕的目光下迅速地重生了……
“果然还是必须有那个家伙吗？”
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