序章
社会学老师罗辑（有天文学背景）在杨冬墓前遇到叶文洁，叶文洁建议罗辑研究宇宙社会学并阐释了宇宙文明的公理。
上部：面壁者（危机纪年第3年，三体舰队距太阳系4.21光年，联合国提出面壁计划对抗三体世界，罗辑被定为4位面壁人之一）
1、某航母政委章北海加入中国太空军，以应对未来可能发生的太空战。
2、地球三体组织暗杀罗辑未遂，罗辑被警官史强一路护送上专机，最后到达联合国总部，联合国会议指定了四位面壁人开展面壁计划，分别是泰勒、雷迪亚兹、希恩斯和罗辑，前三位分别是军界、政界、科学界的权威。罗辑感到惊诧并拒绝成为面壁人，但再次遭到地球三体组织暗杀，无奈之下决定接受面壁人身份。
3、地球三体组织针对面壁计划密谋制定破壁计划，为前三位面壁者各指定一位破壁人来破解其真实战略意图，并指出罗辑的破壁人就是他自己，只有罗辑将直接与三体世界对决。
4、罗辑开启挂机模式，搬进依山傍水的庄园享受生活，并拜托史强寻找存在于想象中的梦中情人，果真找到了理想中的女孩庄颜。罗辑带庄颜四处游玩，并在卢浮宫的蒙娜丽莎画作前定情。其他三位破壁者则积极制定方案（泰勒想研究宏原子核聚变，雷迪亚兹密谋超级核弹，希恩斯试图加快人脑进化）
中部：咒语（有两位面壁人的计划被破壁人拆穿，罗辑悟出黑暗森林法则并向宇宙发送了信息）
一、危机纪年第8年
1、泰勒被其破壁人拆穿计划，即先消灭地球太空军，再让他们的量子幽灵去抵抗三体舰队（涉及量子力学的相关概念），泰勒发疯自杀。面壁人雷迪亚兹和希恩斯进入冬眠，打算等计算机技术革新后再苏醒。
2、联合国秘书长把庄颜和孩子冬眠送往未来，以刺激罗辑认真工作。罗辑回忆起叶文洁对“宇宙社会学”的阐述后顿悟，要求以太阳作为信号放大器向宇宙发送信息，信息中指出了50光年外一颗行星的方位。之后，罗辑被地球三体组织散布的基因病毒感染，只能冬眠去未来治疗。罗辑悟出了黑暗森林法则，即宇宙中可用资源有限，任何暴露自己的文明都将很快被更高级的文明所消灭。
二、危机纪年第12年
1、哈勃望远镜发现三体发射的10个探测器（即“水滴”）将率先到达地球。
2、章北海在太空基地实习时，为保证太空飞船研究方向不跑偏，设计杀害持不同研究意见的人，随后冬眠前往未来。
三、危机纪年第20年
1、面壁人希恩斯苏醒后，在推进计划过程中意外发现“思想钢印”能坚定人们的思想，并设立信念中心帮助太空军建立必胜信心。
2、面壁人雷迪亚兹苏醒后在水星进行氢弹试验，被其破壁人揭穿计划，即在水星上布置大量氢弹，以毁灭太阳系要挟三体世界。雷迪亚兹被愤怒的人们打死。
下部：黑暗森林（三体探测器“水滴”摧毁几乎全部太空舰，罗辑以广播三体世界的位置相威胁，建立了威慑体系）
一、危机纪年第205年，三体舰队距太阳系2.10光年
1、200年后，罗辑苏醒感受科技和社会巨变，并遇到同样经历了冬眠的史强。史强的儿子讲述了200年来人类社会的大低谷和复兴。
2、希恩斯妻子作为希恩斯的破壁人，揭露他其实正通过思想钢印为太空舰队灌输失败主义信念，以促使人类向外太空逃亡。
3、为防止失败主义者驾太空舰逃跑，亚洲舰队司令官任命苏醒后的看似思想过硬的章北海为“自然选择”号太空舰舰长。章北海获得太空舰控制权后，为保留文明火种驾太空舰逃向太空（这是他一直以来蓄谋已久的计划），四艘追击舰进行追击。
4、一个三体探测器“水滴”接近太阳系，太空军认为它是来谈判的，两千艘太空舰列队示威，并成功捕获探测器“水滴”。“水滴”突然发动攻击，无坚不摧并能够瞬间转向和加速，摧毁几乎全部两千艘太空舰，场面十分惨烈，仅两艘太空舰逃脱。
5、章北海指挥的“自然选择”号及尾随的四艘追击舰得知水滴发起攻击的消息，决定共同向宇宙深处逃亡。但由于燃料和设备有限，五艘太空舰互相攻击，最后仅剩“蓝色空间”号；从“水滴”攻击中逃脱的两艘太空舰也自相残杀，仅剩一艘“青铜时代”号，揭示了残酷的太空法则。
6、人类的太空力量几乎全军覆没，人类社会一片混乱。“水滴”飞近地球后向太阳发出干扰电磁波，使得人类无法再将太阳作为信号放大器向宇宙发送讯息。
7、人类社会观察到，罗辑200年前向宇宙发射的信息已生效，信息中指向的星星已被未知力量摧毁，罗辑被人们推崇为救世主。但由于“水滴”的干扰，已无法通过太阳作为信号放大器向宇宙传递讯息，罗辑只能另想办法。他以投身于“雪地工程”作为掩护，在太阳周围布下了大量氢弹。
二、危机纪年第208年
3年后，罗辑以引爆氢弹形成太阳光闪烁、通过闪烁向宇宙传递三体世界的位置相威胁，与与三体世界进行和谈，要求“水滴”和三体舰队转向。
三、尾声
人类社会继续以暴露三体世界的位置相威慑，与三体世界和谈。在人类的威慑下，三体世界被迫指导人类建设了能够直接向宇宙发射信号的引力波天线，解除了智子对粒子对撞结果的干扰，并向人类传授三体世界的先进科学技术。
（《三体2》中罗辑戏份到此结束，《三体3》主角切换为程心。）
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主线人物梳理：
罗辑：社会学老师、杨冬的高中同学、四位面壁人之一、根据叶文洁提示的宇宙文明公理悟出黑暗森林法则、危机纪元中建立威慑系统并成为执剑人。
章北海：中国太空军政委、逃亡主义者（得知水滴攻击后，驾驶“自然选择”号逃向宇宙深处。）
史强：警员，主要任务是保护罗辑。
面壁者：一共四位，分别是泰勒、雷迪亚兹、希恩斯和罗辑，前三位是军界、政界和科学界权威代表。
庄颜：罗辑的妻子。
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