灰夜很早就想过帮助志保和明美脱离组织，可经过反复思虑，她决定在故事正式开始前不去干扰。只要在那之前自己好好保护志保姐妹就行了。
虽然这样志保和明美可能会过得不开心，但自己会尽力不让她们留下在组织里的不愉快的记忆。
而且，这也是自己应该做的，她欠志保的，太多了……
……
另一边，琴酒看着同坐云霄飞车的另外三个女性，邪魅一笑，很快就明白了这起案件。而新一也逐渐逼近真相。
正当警察从一位嫌疑人包里搜出带血的刀，在旁人煽动下目暮警部打算先将其带回，琴酒也打算离开时，早就察觉到琴酒两人的不对劲的目暮警部出言阻止，要求其他所有人都要确认身份信息。
恰好这时新一也看穿了这起案件，吸引了目暮警部的注意力。
新一在警务人员的配合下很快解决了案件，然而当他回过神来寻找琴酒两人时却发现他们早已不见踪影。新一感到不对劲，之前他看着那个银色长发男子时，就感觉到他的眼神异常冷漠。
但现在也不好去找，因为身边还有个情绪有点失控的小兰。
傍晚，走在热带乐园里的新一看着情绪敏感，现在还在小声哭泣的小兰，一脸平静。
“喂喂……小兰，不要再哭啦！这种事以后看多了就习惯了……”
小兰再次掩面，不满新一的态度，“真是的，你太差劲了……”
新一受不了，只好说道：“那个，小兰你还是快点忘记吧，这种事很常见的啦……”
“才不是这样呢~！”小兰哭腔愈重。
新一一脸无奈地双手枕在脑后，这种事上他拿小兰还真是没办法呀……
正在这时，新一看见了伏特加。
这不是那个可疑男子中的一个吗？在那里鬼鬼祟祟的，一定有问题。
新一打算跟上去一探究竟。
“抱歉，小兰，你先回去吧！我很快就会追上去的！”新一匆忙跟小兰说了一句就向伏特加消失的方向跑去。
小兰想追上去，却被自己的鞋带绊了一下，等再看去，新一已经消失在自己的视线……
新一总算找到了伏特加，却发现对方和一个公司社长在进行某种交易。之前坐云霄飞车就是为了确认这个社长是不是一个人来的。而且社长还提到了一个组织。
新一感到了阴谋的气息，遂拿出身上带着的录音设备进行录音。
他越听越心惊，黑衣男子还提到了“实验室”，这让新一感到不简单。
新一心头猛地一震，他听到身后传来了脚步声……
果然，他刚转头就被琴酒一个甩棍打倒在地。
是那个长发男子……新一心里想到，这回危险了……
伏特加打算一枪解决掉新一，却被琴酒阻止，他不想引起警察注意。
遂拿出一个小铁盒，那里面装的就是志保刚开发出的最新版本的APTX4869。
琴酒对伏特加说道，这是组织最新开发的毒药，用来杀人后无法检测出任何毒素，是个能实现完全犯罪的好东西。只不过还没进行人体试验就是了，刚好可以拿这个侦探做实验。
喂了新一吃下这个毒药后，琴酒和伏特加就走了。
很快，新一感到身体开始发热，变得滚烫，他不禁叫出声来。
然而，这地方有些偏僻，即使有人听到也不会立刻就找到。
接着，新一感到发自骨髓的热，仿佛骨头都要融化了一般。
新一连叫声都变得沙哑，随着一阵剧痛，新一一声大叫后就彻底晕了过去……
隐藏在暗处的灰夜总算松了口气。还好，这件事没有出现什么变数，起码新一还活着。
灰夜大概是在琴酒给新一喂药时才赶到的。她看见小兰望着一个方向发呆，便猜测估计是新一过去了，接下来很有可能与琴酒发生什么联系，才导致他变为了“江户川柯南”。
灰夜没有惊动琴酒，只是在一旁看着，因为既然灰说了人物不会发生大的变化，那么这个“主角”应该就不会出现意外。但要说不担心那是不可能的，毕竟怎么说她与工藤新一也是老交情了。
接下来，灰夜就看到新一的身体一点点变小，直到变为大概六七岁的男孩模样。
灰夜觉得这应该很痛，只不过新一昏过去了感受不到。但之前他的样子看起来就很痛苦了，也算给了他一个教训。
想着以后“柯南”被欺负的样子，灰夜觉得应该会很好玩。不过现在嘛…还得确保他安全达到……呃，灰夜也不知道他会选择去哪。
不过想来应该会先去自己家，然后向阿笠博士寻求帮助吧……
不多时，已经变为柯南的工藤新一被巡警发现，并带到了附近的交番（派出所）先行治疗。
新一现在是满脸的不明所以加一脸懵逼。
在浑浑噩噩地被进行包扎后，新一逃出了那里。因为没人相信他的所言，只觉得这个小男孩在胡言乱语。
灰夜在暗中观察，觉得还挺可爱。现在的他显然是还没完全相信在自己身上发生的事，有些不知所措。
新一原本还接到了小兰的联系，这倒是引起灰夜的兴趣，她想知道新一究竟会不会告诉小兰，小兰又是否会相信。
但见新一的动作停了下来，灰夜点点头，看来他还是有些理智的。接下来就该回家了吧……
看见新一惨兮兮地从自家门前摔下，还愤怒地甩手敲地，灰夜原本都打算直接现身了，却被博士抢先打断。
新一看见博士从自家的实验中被甩了出来，顿时惊喜不已。
……
在经过一轮轮解释后，博士总算相信了新一所言，并来到了工藤宅。
灰夜也算完成此行任务了，遂回到了就在不远处的“家”。
她在想新一和博士究竟会不会来找自家人。
答案很明显，灰夜直到柯南和小兰一起回家都没等到他们来找自己。
不过这也在预料之中。
其实新一和博士的对话是这样的。
“要不新一你去拜托星月他们吧，她们家有势力，或许能更快地帮到你。”博士觉得比起他这个没什么名气的科学家，找星月她们家显然更好。
新一也有这样的想法，但他仔细权衡了其中的利害，觉得一定不能让星月她们家知道。
“不行！小兰跟星月三姐妹关系太好了，一旦让星月她们知道，肯定瞒不住小兰的，我不想让小兰卷入这么危险的事情中来。”
“是啊！一旦让那个组织发现你还活着的话，一定会再来追杀你的，这样一来你周围的人都会遇到危险。”博士也想了想，同意新一的想法。
接着，博士就一脸凝重地跟新一说了，除了他之外不能让任何人知道你的真实身份是工藤新一。也包括小兰。
新一也是认真地答应了，却没有仔细想博士话中的毛病。
接下来的事就是小兰来工藤家，小兰发现“柯南”，“柯南”正式为自己取名“江户川柯南”，博士拜托小兰，小兰带柯南回家……
灰夜在新一和博士家都装有监视设备，当然，这个不是为了窥探隐私，只是为了知晓在有她们参与下的故事发展如何。
灰夜不想让灰提前预测故事情节发展，不代表她们自己不会采取措施，毕竟一个是未来，一个是当下。
就这样，工藤新一正式成为了“变小的名侦探”！并开始了他另类的名侦探之路！
……
灰夜回家时，羽和叶灵都在。
可灰夜整个人看起来都有种过于兴奋的感觉，以至于她俩不敢打扰，因为如果这种时候主动找灰夜说话……那接下来就会被灰夜当成释放这种情绪的“靶子”了……
果然，羽和叶灵暗中观察了一下。她们发现夜姐先是在那听了隔壁的十几分钟墙脚，随后兴奋表情更浓，飞快地跑到了地下“训练场”。
“灰！虚拟现实！琴酒！”灰夜打开训练场大门就一阵大吼，把正在训练的“夜卫”吓得不轻。
夜一战战兢兢地急忙将其她几个“夜卫”拉到训练场边缘，满脸的惶恐。
完了完了……
灰夜大人没有叫我们出去…这下惨了……
其她的夜卫同样反应过来，脸上的恐惧之色飞快蔓延，大气都不敢出一口，深怕打扰到灰夜大人……
“是！”灰的声音在夜卫们的耳边回荡，仿佛恶魔的低语……
一个小时后……
当灰夜在训练场外羽和叶灵怪异的目光下，脚步轻盈，神清气爽地走出训练场时，夜卫们一个个已经瑟瑟发抖，腿脚打颤。
灰很“人性化”地将琴酒小队成员全部都用虚拟现实呈现在了灰夜眼前。
这一个小时，灰夜反复而残忍地对付着“琴酒小队”。灰完整地复制了“琴酒小队”的战力，并在灰夜每次击败他们后转换不同的现实场地。
让夜卫们真正恐惧的虽然只有那么一些镜头，但那种强烈的大脑视觉和心理上的冲击是久久无法散去的。
相比起这种心理层面的“训练”，夜卫她们反而更希望灰夜对她们进行真实残酷的训练。
起码那种时候只是痛在身体，心理上只有强烈的战意，暂时还没有那种“地狱”般的体验。
在场夜卫中最小的一位艰难地动了下喉咙，“姐姐们，灰夜大人心情好像很不好啊……”
夜一很快调整好了状态，起码表面上是的。
“不，恰恰相反，灰夜大人应该是很兴奋才对，应该是琴酒惹到灰夜大人了，所以正好拿琴酒来当发泄对象了……”
“好了，继续训练！”夜一恢复到了严肃的状态。
“是…～”
“大点声！！！”夜一突然大吼。
其她夜卫又是一阵激灵，“是！！！”
当然，真正的琴酒的噩梦现在才刚刚开始……
……
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