真新镇，是一个安静，环境优美的小镇。在真新镇医院里，一个老人和一个中年人在产房外等候，而产房里有两个孕妇。在产房外等待的老人是世界文明的神奇宝贝博士大木浩(也就是原著里的大木博士，以后就以大木博士称呼)，旁边站着的中年人则是大木博士的长子大木旭，同时也是大木一族的现任族长(以后就叫旭)。产房里的两个孕妇，一个是旭的老婆大木若欣(以后就叫若欣)，而另一个则是大木博士的女儿大木花子。
一声接一声的哭声惊动了两个在产房外等待孩子和孙子诞生的两个人。这时，医生走了出来，说:“恭喜，大木若欣生了一个男孩，而大木花子生了一个女孩和一个男孩”，两人听后兴冲冲地走进产房，三个婴儿分别睡在母亲的身边。若欣生的男孩被旭取名为大木茂，花子生的女孩取名为大木萝铃，男孩叫大木智。
花子的母亲在花子即将出生时，被火箭队绑架，以此来要挟大木博士暂停对火箭队的清缴，当时大木博士还是个中年人，是关东联盟的冠军，同时也是一名神奇宝贝研究者。不过大木博士知道火箭队不会放过他的妻子的，于是，假装撤退，暗地里进行营救。大木博士想的果然没错，火箭队是不会放过他的妻子的，还好他留有后手。一名神奇宝贝搜查官带领一个小队放火烧了他们的基地，火箭队瞬间乱了起来，而花子的母亲则趁乱逃走了，逃到常磐市后被巡逻的君纱小姐发现后送到医院，生下花子后去世，而花子则被孤儿院所收养。而大木博士则在火箭队的基地找不到妻子，十分焦急，后来发现妻子逃走时留下的痕迹，一路追随后也来到常磐市，在向君纱小姐打听后发现，妻子确实来了常磐市，并生下了一个女儿后去世了，而女孩则被孤儿院收养了。大木博士安葬了妻子的遗体，并发动家族的力量寻找他的女儿，可是却杳无音讯。大木博士因这件事的打击太大，辞去了冠军之职。
大木博士的女儿被孤儿院院长取名为花子，花子长大后走出孤儿院来到真新镇定居。大木博士因专注于研究很少出门，加上跟花子住的地方是不同方向所以没见到。花子长的很漂亮，也有不少的追求者，不过没有一个让花子动心。直到一名叫御龙铨的男子来到，才让她动心，并且两人还发生了关系，并有了孩子。只是御龙铨身为御龙一族族长，并且已经结婚，有了一个儿子，加上两人身份相差大，所以御龙铨狠心抛弃了花子。花子在被他抛弃后一个人来到河边哭，大木博士恰巧有事经过发现了花子，上前询问原因。当他看见花子的长相后十分吃惊，因为她和自己的妻子长得十分相似，大木博士表明身份和疑惑并询问其身世，当得知花子是孤儿后，便和花子做亲子鉴定，结果出来后，花子显而易见是大木博士的女儿。得知花子的事情后，大木博士很生气，差点引发和御龙一族之间的战争，御龙铨也被他的父亲修理了一顿。
在花子的照顾下，萝铃和小智一天天的长大了，而萝铃展现出来的天赋十分惊人。
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