第1集
秦兵押送途中，大毛晕倒，村夫小子荆天明仗义喂水，被官兵呵斥。天明不服，却被鞭子抽晕过去。待天明在暴雨中醒来，却发现周围血流成河，官兵尸首遍地。望着此情此景，天明不知发生何事。赢政看密报，得知当年刺杀自己的荆轲之子尚在人间。十三年前，秦王妃子丽姬以死换取她和荆轲的孩子一命。如今找到这个叫荆天明的孩子，必当斩草除根。殊不知赢政身边的红人，天下第一剑客盖聂，正是受荆轲所托，潜伏在赢政身边的人。如今知晓赢政要除掉天明，连夜快马赶出咸阳城，前去保护荆天明。盖聂的一举一动，全在墨家监视中。盖聂一出城，墨家消息网就在全国传开消息，被东皇太子藏匿多年的荆天明出现了。荆天明一回到村里，村长就说他杀了官兵，带他去官府自首，否则全村老小死路一条。天明只知从小到大，一直有个神秘女孩在保护他，却不知是谁。其实是听命于东皇太一的少司命。盖聂抢在赢政的亲兵到来之前，把天明救出来，天明不知盖聂为何人，想逃走。墨家医仙端木蓉一直认为荆轲为盖聂所害，大骂他在秦王身边当了十三年的走狗。
第2集
荆天明欲和项家翩翩公子项少羽单挑，却根本不是对手，被项家关押在柴房。秦王得知盖聂把孩子救走，暴怒。端木蓉在项府找到天明和盖聂的关押处，欲相救，却被项少羽发现。这时秦王派来的重兵包围项府。项氏以为端木蓉是奸细，把他们一家出卖给一直想剿灭他们的秦王。秦兵杀进项府，混战中项家寡不敌众，和背着盖聂的天明，端木蓉一起被官兵围住。这时墨家首领东郭植带人赶到，杀退官兵。张良断后，摆下八卦慑心阵，让官兵无法近身。墨家首领东郭植对美貌泼辣的端木蓉一向爱慕有加，总想引起她的注意，端木蓉却总是对他恶语相向。张良欲撮合墨家与项家合作，一起对抗秦王。月夜之下，墨家早已安排好船只前来接应。荆天明和项少羽同时被站在船头温柔婉约的姑娘迷住，原来她就是墨家巨子的女儿高月。项家一众被带到墨家休养生息之地——墨家鬼村，隐匿于绝岭雄峰之间，集结了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦势力最后的堡垒。鬼村口就有张良布下的奇门遁甲之术，外人如若贸然闯入，就会迷路找不到出口。
第3集
盖聂不肯说出当年真相，端木蓉怀恨在心以残忍的手段为他疗伤。天明讨好心上人却被高月施针麻痹了身体，他只能眼看着少羽向高月大献殷勤。少羽在高月面前力邀天明比武，天明武功不济却使诈夺胜。盖聂病况稍有起色，天明拜师却被他拒绝。剑圣盖聂的风姿动人，医仙端木蓉芳心萌动。杀手易容成勇叔欲掳走天明，此时勇叔尸体被人发现，天明侥幸逃过一劫。
第4集
鬼村不断有人离奇死亡，少羽和天明跟踪发现铃儿和假勇叔私会。端木蓉怀疑盖聂是凶手遂欲对他狠下杀手，天明和少羽及时赶来阻止。铃儿谋害高月被当场揭穿，原来她是杀手蛊娘，蛊娘和鬼村众人大战最终败退。秦兵围剿鬼村，项氏一族助墨家迎敌。卫庄被收买杀死盖聂，然而二人相见却牵出一段纠葛。盖聂和卫庄曾是七杀门的人，卫庄为救盖聂埋身火海并从此对盖聂心怀仇恨。
第5集
盖聂被卫庄打败，而天明忽然被邪术控制大开杀戒。天明自幼身怀异能且由阴阳家云中君教导，盖聂希望端木蓉消除天明的异能。众人否认卫庄曾经出现，天明误以为被邪术控制只是梦境。项氏一族不愿遵从墨家号令单独离开，少羽独自留在墨家。东郭植和天明等人到洛阳后受到巨富金万两热情接待，并被安排住进雪女掌管的妃雪阁，随后天明等人惊悉金万两就是墨家巨子。高渐离通过雪女的乐师考核，雪女其实早年便倾慕他的才华。第6集
卫庄揭穿东皇太一就是中车府令赵高，原来赵高系羲氏一族，当年赵国与秦军一战大败，羲氏一族被赵王怪罪占卜不利而遭灭族，赵高为复兴羲氏而潜伏在秦王身边。为了抢床睡，不懂武功的天明竟与少羽打成平手。少羽将天明曾发狂之事告之，并对天明异能进行测试，谁知竟令天明误打误撞找到了操控异能的方法。
第7集
少羽装扮成女人和天明一起教训算命骗子，却不想反而引来官兵的追捕。天明控制不了力量而晕倒，少司命救了天明，却对天明心念高月感到不悦。少司命将天明送回原处，高月用她莫名的灵力救天明醒来。盖聂虽将天明是荆轲之子的身世告诉天明，但他无法说出荆轲是死于自己手中。端木蓉为天明去除邪力，恢复正常的天明感到失落。
第8集
雪女为她的舞蹈表演向洛阳城内的达官贵族散发请柬，连平时不愿露面的雁春君也大驾光临。高渐离在雪女舞蹈表演时行刺雁春君，但被雪女看穿化解危机。高渐离与盖聂相遇，高渐离将雁春君就是当年出卖七杀门的叛徒告诉盖聂。雪女偷偷来见盖聂，原来她也曾是七杀门的人，雪女曾经爱慕七杀门长老高渐离。高渐离劝说雪女帮他复仇，但雪女表示七杀门是她最大的噩梦，她拒绝报仇。
第9集
盖聂拒绝复兴七杀门，高渐离深感失望。雁春君收下了雪女的拜贴，雪女和高渐离来到雁春君府见到的却是卫庄。卫庄杀了雁春君，他回忆起当年继承了死门的职位，并被当年是鲍长老的雁春君利用害死了掌门，他记恨高渐离当年只救了盖聂，没有救困在火场的自己。高渐离向卫庄道歉，但他并不后悔自己的选择。天明和少羽等人来到染坊，岂料危险很快来袭。
第10集
染坊被易夫子布下阵法，端木蓉火烧阵法救了天明等人。端木蓉意外解开天明身上的咒印释放出了邪力，天明的身体却无法承受邪力濒临崩溃，端木蓉束手无策非常自责。高渐离不告而别，雪女随之远走天涯希望能够找到他。少羽驾驭墨家班大师改造的马车，岂料结局极其惨烈。盖聂在巨子和端木蓉的面前说出荆轲刺秦的真相，他和荆轲本是意气相投的兄弟，而荆轲死于他的剑下也另有内情。荆轲留下遗书希望秦国一统后选定贤良之人统治天下，盖聂认为扶苏就是贤良之人。端木蓉难以压抑对盖聂的好感，东郭植为失恋而痛心不已。天明总是做着同一个噩梦，梦见父亲荆轲刺秦却死在盖聂的剑下。天明把心事告诉高月，高月将父亲鞠玄和太子丹策划荆轲刺秦一事娓娓道来，而刺秦失败也让鞠玄和太子丹受牵连被追杀而亡。
第12集
聂答应教天明剑法却不打算收他为徒，天明为此愤愤不平，然而端木蓉看出盖聂此举是为了方便日后天明为父报仇。端木蓉和盖聂彼此钟情，然而未能宣诸于口的情感让二人颇受折磨。盖聂制作剑谱交给天明后不告而别，端木蓉追随而去却在途中被卫庄擒获。盖聂和卫庄自小结义却因命运捉弄而互相为敌，他们即将一战。赤练在比武结束后偷袭，端木蓉为救盖聂中毒。
第13集
盖聂挥剑向赤练逼讨解药，岂料天纵奇才的端木蓉已经施针为自己解毒。卫庄救了遭遇灭门之祸的赤练和白凤，并将他们培养成杀手，而赤练也在成长的过程中对卫庄交付痴心。盖聂说出离开的原因，他不想端木蓉将来在他与天明之间的恩怨中为难。高渐离沉浸在痛苦中无法自拔，雪女在屋外吹萧，高渐离这才发现以前曾经与他琴萧合奏的女子就是雪女。
第14集
天明在与月儿外出时再度晕倒，在梦里天明的身体分裂成善与恶，天明被告知父亲被盖聂所杀的真相，月儿再度用她的灵力让天明平静下来。赤练和白凤去杀盖聂，盖聂将其制服却仍旧放两人离去。大司命和少司命出现在天明面前，大司命以寻找盖聂杀荆轲真相为借口骗天明去咸阳。天明答应随大司命去咸阳，月儿发现天明的反常后阻止天明离去却未果。
第15集
天明一夜未眠，最终决定跟随大司命去咸阳，自己找出真相。月儿一路追赶天明来到了后山，被大司命用火墙挡住。天明担心月儿，却被大司命手刀击晕，交给少司命带往咸阳。听见大司命说要带天明去咸阳，月儿担心天明的安危，辞别少羽和班大师，一路快马加鞭，终于赶在马车之前找到了江边的巨子。月儿向巨子汇报天明被阴阳家的人带走，巨子怕天明卷入阴谋，安排小植和高月找韩信帮忙解救。天明询问扶苏，当年是否是盖聂杀了荆轲，得到了扶苏的肯定。但是，扶苏认为盖聂是个侠义之人，这么做必定另有隐情。天明询问公子扶苏对盖聂的看法，扶苏告诉他，盖聂心怀侠义行事磊落，是个难得的君子，自己之所以能够打消顾虑与巨子相谈，一方面是因为对墨家理念的认同，更重要的原因则是出于对盖聂的信任。少司命被东皇太一处以鞭刑，大司命心中疼惜无比，却不敢表现出来。月神与大司命一向不合，在看出大司命对少司命的喜爱后，三番五次的用语言刺激他，却反被其嘲笑“身为月神，却干着侍女的活”。盖聂等人回到了终南别馆，得知天明失踪，众人都非常担心。急性子的蓉儿立刻就要前去咸阳寻天明，恰好在门外见到小植带着天明和月儿回来。再次相聚，大家都很高兴，唯独天明对盖聂心存芥蒂，一直闷闷不乐。
第17集
蓉儿给天明诊脉，发现天明的病情恶化了很多，又奇怪他去咸阳做什么。询问月儿后得知天明已经知道荆轲是被盖聂所杀，受了阴阳家的蛊惑，所以才去了咸阳。经过月儿的提醒，蓉儿推测天明病情的恶化可能跟情绪有关。扶苏将巨子视作知音，命心腹去金府，将宫中的剿杀令传信给巨子。韩信得知秦王的计谋后，与家老用太平树的联络方式找到了巨子。巨子几次运功，想用内里将毒素逼出，却都以失败告终。月儿分析了最近发生的事情，推测商社被剿的事情与天明有关。为了不影响对天明的治疗，月儿叮嘱少羽不要告诉他。
第18集
少羽询问月儿对天明的格外关心，是不是因为心里在乎天明。月儿被说中心事，连忙借口医者仁心做掩饰。看穿了月儿的掩饰，又想到自己对月儿的在乎，少羽心中更加酸楚。面对天明的疑问，盖聂只说了是巨子的决定后，便一言不发。天明告诉盖聂，大家对他的隐瞒并不是保护，而是不信任。当年鞠玄（巨子）护送太子丹逃离燕国失败，为了躲避通缉，不给妻女引来祸端，鞠玄加入了墨家，之后更名换姓成为了墨家的首领巨子。为了墨家的事业，巨子无暇关心自己妻女。墨家发展壮大以后，巨子去找妻儿，却发现原本的家已经被烧毁，废墟之中找到了妻子碧华的一个盒子。巨子对自己这些年来的不管不问十分自责，于是跑去挖妻儿的坟墓，想把他们安葬在一个山清水秀的地方，永远陪着自己。
第19集
端木蓉将碧华是羲氏圣女一事告诉巨子，因为女儿遗传了圣女的血统，碧华被大司命带走之前偷偷将女儿托给端木蓉。巨子自觉此次中毒难逃一死，他拒绝认女，这一切都被天明偷听到，天明将巨子是月儿父亲之事告诉月儿。班大师带着众人来到机关城，天明与盖聂赌气不听劝引发机关。少羽带着天明和月儿进入禁地一探究竟，想不到却中了机关，班大师对孩子们的不懂事大为干火。
第20集
巨子组织大竞技，韩信和樊哙接连不敌少羽。耐不住的天明也想上场比武获得众人赞赏，当他一爬上旗杆便引得众人担忧，大家担心天明再度发病。盖聂认为天明的逆反他有责任，但当他向天明道出当年荆轲之死的原因时，却令天明更加愤怒。月儿意外得知巨子得了绝症，她借看病试探巨子，巨子有意回避。胡亥没能抓到墨家首领，嬴政斥责胡亥无能，赵高答应帮胡亥解决问题。赵高深夜拜访卫庄邀他与自己结为同盟共破墨家机关城，他以重振七杀门之威来诱惑卫庄并最终如愿结盟。雪女筑内的一根羽毛飞出泄露了机关城的位置，卫庄找到墨家的宿敌公输家，并说服公输家掌门公输仇为他效力。在白凤的消息下卫庄带兵找到机关城大致所在，他设计诱出城内墨家弟子。樊大锤中断替天明传功带兵出城，天明邪力发作性命有危但却拒绝盖聂为他传功，在盖聂的一番训斥下他才有所悔悟，而出城的一众墨家弟子均有危险。
第22集
高渐离与雪女一同出城营救樊大锤，雪女使出白雪幻术方击退妖女蛊虫。张良与端木蓉在检查伤员时发现多出一具尸体，由此众人推断是墨玉麒麟易容混入了机关城，尽管提高防备但班大师依旧被他刺伤。墨玉麒麟在城内蓄水池中下奇毒鸩羽千夜，端木蓉有所察觉但并未找出异常，这让蓉儿疑惑又担忧。次日机关城水源被截，如卫庄所料他们启用蓄水池后全城皆中奇毒，幸得端木蓉紧急用药应对。公输仇看时机已到便自水路潜入机关城内.
第23集
公输仇自水道暗自潜入机关城内，原来当年他埋伏墨家妄图进入禁地内一探究竟，但诡异的言行被继任巨子的大师兄所怀疑，故意假死试探出他的真身份，慌忙逃窜之时公输仇的左手被机关所废。此番他重回城内欲再进禁地，他巧言骗过路过的天明少羽与月儿，让他们经过试炼关卡进入禁地，而自己通过关卡运行后产生的密道也潜入其中。天明少羽一心挽救城内众人，尽管月儿对公输仇有所怀疑他们却依旧进入禁地的试炼关卡。
第24集
天明与少羽和月儿一路前进直至进入禁地的龙喉，触动机关使得天地大动险些丧命，幸好月儿以星宿之理使一切停止。在龙喉中月儿意外发现了自己的儿时爱物幻音宝盒更由此确定了父亲对母亲与自己的感情。盖聂令墨家弟子假意败北引诱卫庄一行上当进入机关城内，本欲瓮中捉鳖却不想卫庄一行依旧能迎战。少羽与天明月儿分开以两路出行，他们分别遇上了棋局考验以及机械兽的追杀。
第25集
少羽领悟墨家克而不攻的真义后赢得棋局保命，而天明在最后关头将月儿推入逃生之门，他将自己与机关兽同关密室之中，幸而最终安然脱险。雪女以幻术困住赤练与她厮杀，班大师意识到公输仇进入了机关城，急于去救天明三人的他却发现了另一个“班大师”，墨家弟子无从分辨谁真谁假。天明听信了公输仇的谎言去关闭玄武闸，而之后赶来的少羽意外听到了公输仇真正的阴谋，在少羽的及时阻止下才未酿成大祸。端木蓉被蛊虫所胁迫，幸得盖聂及时赶到斩杀蛊母使妖女遭反噬而亡。赤练不顾自己身受重伤一意孤行要去救卫庄让白凤更加愤恨不已。雪女因受赤练之毒命悬一线，高渐离不顾自身安危为她传功解毒。班大师揪出了墨玉麒麟假扮的自己，在听到天明三人的遭遇后他更加确认了是公输仇重返了墨家。他对天明他们说起了当年公输仇隐瞒身份入墨家最终被巨子揭穿的恩怨往事。
第27集
天明听到班大师所说的魔家之术的真谛后大为触动，他为自己的一无所长而悲痛恼怒，盖聂以真正的侠义之道指引他平复心境。盖聂独自迎战卫庄，他以百步飞剑一举获胜却不料白凤于身后偷袭，端木蓉为救盖聂而自己受伤。巨子打算毁掉机关城以成全公子扶苏，众人乘升降梯逃生，但卫庄却破坏了机关，逃生之门因此无法打开。班大师说只有下到墨规池打开玄武闸才能打开逃生门，天明跳入池中用玉煞之力打开了玄武闸，众人得以解救。
第28集
自知时日无多的鞠玄将所有内力传给经脉尽断的天明，他并将巨子之位传给天明。得报家仇后的公输仇疯掉，赤练得知卫庄仍埋在机关城，悲痛的她不相信卫庄会死。扶苏救出困在机关城的秦兵，得救的秦兵表示愿尽忠于扶苏。鞠玄临死前与月儿相认，他要天明尽心辅佐扶苏并照顾好月儿，但墨家其他人和少羽并不服天明当巨子。
第29集
端木蓉的羽刃之毒被月儿治好，盖聂和端木蓉和好。赤练找到废墟中受伤的卫庄，撞见他们的少羽本欲杀了卫庄，可卫庄的话却令少羽对是否跟随墨家产生动摇。少司命将高月拥有异能一事告诉大司命，大司命分析高月就是碧华之女，他要少司命去抓高月将功补过。素影回想起当年和妹妹碧华被东皇太一收养，碧华此后被奉为圣女，素影出于私心帮助碧华私奔。
第30集
月儿在咸阳见到了姨母，素影告诉了月儿当年的一切，她憎恨妹妹碧华夺去她的光芒，十几年来饱受族人的折磨。为让月儿配合，素影向赵高提议用碎魂针让月儿失去记忆。赵高升素影为月神，素影不念亲情对月儿下了毒手。盖聂和端木蓉随天明去咸阳救月儿，天明感受到月儿的痛苦而引发玉煞之力，盖聂将七杀心法传给天明，并收天明当徒弟。被施完法的月儿听从东皇太一的命令自残身体，尚存一丝神志的月儿拼死抵抗。天明和盖聂入赵府查探，天明与月儿心灵相通，天明感受到了月儿的痛苦。天明着急要去救月儿，端木蓉极力阻止，两人在街市上看到成为圣女姬如千泷的月儿。东皇太一下令处死少司命，大司命求情未果。
第32集
被施完法的月儿听从东皇太一的命令自残身体，尚存一丝神志的月儿拼死抵抗。天明和盖聂入赵府查探，天明与月儿心灵相通，天明感受到了月儿的痛苦。天明着急要去救月儿，端木蓉极力阻止，两人在街市上看到成为圣女姬如千泷的月儿。东皇太一下令处死少司命，大司命求情未果。
第33集
少司命求大司命救自己，赵高催促手下人快点动手。大司命向赵高汇报天明在仪式上被盖聂救走，赵高吩咐他按计划行事。蓉儿发现天明又失踪了，与盖聂一起到祈福仪式上寻找。少司命使计，拦住了要硬闯仪式的天明，并告诉他自己有办法救高月。少司命说自己学过一种法术，可以用药使自己变老。
第34集
少司命说凭自己的力量很难救出月儿，请求蓉儿假扮自己的徒弟，一同进入方士学馆，然后再与盖聂里应外合救人。少司命饮下药方，变为一个白发苍苍的老人。天明也展示了自己苦练的成果，化身成一个虎背熊腰的妙龄少女，盖聂让他用丝巾遮住喉结，并叮嘱他千万不要说话。
第35集
天明不慎将自己假扮女子的秘密泄露给了学馆的张副总管，虽蓉儿以醉酒将此事搪塞过去但大总管依旧对天明的身份产生了怀疑。大司命向少司命传递计划有变的讯息，无奈不知情的天明依旧点火烧了炼丹房，发现自己误入圈套的蓉儿一行迅速出逃。月儿被控制心智后误伤天明，在天明的不断呼唤下她恢复了往日的记忆。少司命为了保护天明他们使用法术使得元气大伤，其后更是身中数箭身亡。亲眼看着爱徒香消玉殒的大司命心痛难忍誓要为少司命报仇。恢复意识的月儿依旧被囚禁受尽折磨，天明感受到月儿的痛苦更是痛苦不已。救出高月一事十分紧急，高渐离决定假造祥瑞后混入宫借祭典之机在皇上眼皮下救出月儿，盖聂感觉此法危险便阻止但小高一意孤行。他们恳求扶苏公子举荐高渐离入宫。
第37集
皇上得到一块天刻“万世永袭”大字的奇石，为贺天降祥瑞便欲举办祭祀大典，扶苏趁此机将高渐离接入宫中。小高此番入宫亦十分凶险，他希望雪女待他归来后能嫁给他。扶苏将详细的祭祀流程告知盖聂并制定周全的营救计划，雪女与天明按计划混入宫中祭祀人等之中。祭祀大典上高渐离的乐音深得皇上欢心，一切计划本都如期进行.
第38集
在雪女趁烟雾换下月儿之时却被赵高的耳目看出了端倪。为了保住天明能顺利救出月儿，高渐离临时行刺始皇但最终与雪女共亡。受惊的始皇大怒将卢生处死并欲将方士学馆所有人等坑杀，扶苏公子因进言阻止而被发落出京。月神因为叛主放走高月而被赵高关入月儿母亲的墓室之中。高渐离与雪女的离世让盖聂心痛不已，天明更是因此深深自责。
第39集
项梁家产被官兵劫走，他只得带人来投靠墨家，却听闻墨家扶植扶苏之事不禁大怒。端木蓉等人回到芒砀山，盖聂因高渐离和雪女之死而整天颓废，端木蓉提议给高渐离和雪女建衣冠冢。天明因忙于照顾月儿无心墨家事务，项梁有意让少羽越过天明成为巨子。盖聂说出少羽心怀复仇及雄踞天下之志，这和墨家的兼爱非攻并不相合，天明这才明白前任巨子为何选了自己。
第40集
项梁挑唆墨家子弟支持少羽，少羽不同意项梁的做法，他将墨眉还给天明。项梁责怪少羽错失良机，少羽倍感压力。少羽随东郭植等人前去机关城挖宝藏，路上赤练现身将少羽引去见卫庄，卫庄此时已双腿残疾，他有意相助少羽成就霸业，然而却被少羽果断拒绝。项梁为了重振项氏一族而偷了墨家宝物，少羽得知此事极为反对。东郭植发现宝箱里全是石头，他将矛头指向少羽，愧疚的少羽向天明承认一切是叔父所为。少羽逼天明在他与扶苏之间做出选择，天明选择了扶苏，少羽大受打击。天明拒绝帮助少羽打败嬴政，失望的少羽逼着月儿和他一起离开墨家。月儿拒绝离开，少羽竟欲自尽。少羽离开墨家，他留信说明项梁藏宝的地点，墨家众人才知误会了少羽。落魄的少羽被人欺侮，卫庄带走了少羽，他欲与少羽结成联盟。端木蓉让天明将盖聂骗出村子，天明想尽办法拖延盖聂回村时间。
第42集
端木蓉为盖聂的生日制造惊喜，盖聂大受感动。扶苏向墨家发来求助信，他希望墨家帮助他打通直道，盖聂带着端木蓉及班大师赶去相助。蒙将军与扶苏为直道之事发生争执，蒙将军看不上前来的墨家等人。张良观察完山道后，他提出在山里找出炸点炸山的想法，而班大师设计了钻山甲，它可以进到山里钻出管道放进炸药，蒙将军根本不信他们的设想，扶苏用自己的性命支持墨家等人。
第43集
班大师设计了钻山甲，扶苏用自己的性命支持墨家等人。炸山时导火线出了状况，天明冒险点火时山体的爆炸令月儿忆起了一切。月儿的病情越加严重，天明有意去找羲式一族为月儿治病。嬴政没有表彰扶苏打通直道的功劳，但赵高明白嬴政下放扶苏是为了让扶苏建功好继承皇位。赵高故意制造嬴政将死的谣言，怕死的嬴政动气伤身，赵高趁机谏言只要嬴政东巡出游必能遇上吉星。
第44集
东巡路上虚弱的嬴政越来越依赖药物，这正好中了赵高之计。月儿的身体被玉珪侵蚀，天明得到盖聂的同意后去咸阳想办法。天明本以为找到素影就有办法，却不想素影早已变成疯子。嬴政的病情极其严重，自感将死的他立下遗诏交由赵高送往上郡。赵高得遗照后不再掩饰自己的阴谋，而此时始皇应丹药所害无法发声最终暴毙。扶苏一行得到始皇返回咸阳后心生疑惑便派使臣前去问询。
第45集
天明混入秦军营中意外听到了赵高威逼利诱丞相篡改遗诏立胡亥为新君之事，赵高派特使传假遗诏令扶苏自裁，蒙恬亦不能保命，盖聂等人均对此遗诏心存怀疑便未按诏执行。为保全蒙恬及全军将士扶苏最终自裁而亡，天明来晚一步。天明将赵高所有的阴谋均告知盖聂，子婴听到真相后执意回咸阳，却自此变得痴傻被囚。胡亥继位而赵高便顺理成章的权倾朝野，为加快篡位他大行酷政。盖聂因为扶苏的死陷入低迷，蓉儿劝他与自己一同隐居，盖聂思虑后仍难放天下，蓉儿负气独自离开。因为大行酷政天下各处起义频起，少羽听从卫庄的建议杀掉郡守自此领军一方。少羽和项梁独占会稽攻城略地一时间攻无不克，各路起义人马纷纷前来投奔，天明与盖聂一行随刘邦亦投靠前来。
第47集
在卫庄的劝说下，少羽下令杀掉所有俘虏，并对襄城屠城。少羽仍然无法忘掉屠城时的惨状，在回会稽的路上独自骑马跑开，想要缓解一下。项梁采纳范增的建议，在薛城拥立新一任楚王，并自封为武信君，而后自己率兵攻打濮阳，派少羽和刘邦攻打城阳。李斯劝胡亥减轻徭役赋税，被其赶出寝宫。赵高借机告诉胡亥，李斯之子李由与盗匪陈胜私交甚笃，李斯与李由里应外合居心不良，胡亥让赵高处理李斯，李斯被扣押监牢，等待审讯。
第48集
少羽与天明率军攻入城阳，将士来报，说有部分秦兵负隅顽抗，少羽下令屠城。天明劝少羽收回命令，却被警告不要再对其下达的命令多言。项梁（武信君）大破章邯部队，设宴庆功。卫庄说现在还不到开怀畅饮的时候，建议一鼓作气拿下定陶，否则容易被章邯偷袭。项梁不听劝，卫庄借口不胜酒力，离开了宴席。白凤将卫庄推回帐中，一边说他对不起赤练的一片痴心，一边对他百般折磨。赤练在白凤的坟前痛哭不止，卫庄却不知如何安慰。少羽在项梁的坟前说自己终于明白了王者霸道必须无情的原因，因为有情只会造成更大的牺牲。
第49集
在蓉儿的劝说下高月答应同她一起回镜湖医庄养病，盖聂强忍心中不舍依旧不肯开口留蓉儿留下，为斩断情意他将锦囊掷入湖中令蓉儿彻底心碎。在分别之前天明答应月儿自己一定会了却所有事后风风光光的娶她。同样面对亲近之人离世的少羽与赤练惺惺相惜渐生情意，赤练彻底与卫庄一刀两断。楚怀王命沛公为主将带军，这让少羽十分气愤不满，他告诉天明“道不同不相为谋”与之斩断兄弟之情。
第50集
少羽为赤练改名虞美人并为她亲送铸剑，两人自此互定情意。天明随刘邦一同离开让少羽颇为难过。在西征前夕思念月儿心切的天明与盖聂一同来镜湖医庄探望，在盖聂默默的守候下蓉儿再次心软生出原谅之意。月儿自知命不久矣，但却依旧强忍病痛假装身体无恙来陪伴天明，她只担心自己的离去会让天明难过，而月儿的心事让端木蓉十分心疼。在蓉儿的一番斥责后天明决定留在镜湖医庄再陪月儿一段时间，盖聂也随之留下。楚怀王任命的副将宋义整日作乐无作为让少羽恼怒不堪，卫庄启发他要自己去夺天下。虞美人帮助少羽了解了内心真正所想，少羽终于下定决心杀了宋义成就覇业，楚怀王无法只得封少羽为上将军。少羽表面强抢秦军粮草，实则狙击秦军的实战部队，秦军猝不及防被打败。天明做了冰雕向月儿求婚，正当端木蓉为此感动时，盖聂也向端木蓉求婚。
第52集
赵高在大殿上指鹿为马以此验证大臣们的忠心，他的权力已经盖过了胡亥，胡亥因此担心被赵高加害。胡亥恶梦频频，赵高施计让胡亥搬出了秦王宫。盖聂和端木蓉及天明和月儿两对新人同日举办婚礼，但月儿却在当天晕倒，大司命出现称要救月儿只有回咸阳，并且他已经有了抵消玉珪和玉煞力量的方法。天明带着月儿回到咸阳，大司命建议月儿装成未恢复记忆时的模样，这样天明假意投靠赵高才为可信。
第53集
少羽收服章邯军威日盛，他带着虞美人去看他发现的花地，并为花儿命名虞美人。大司命在阵法中偷放了朱砂，这样施法时阵法会反噬施法者，大司命目的在于杀死赵高。云中君发现阵法有蹊跷，他晚上偷偷前去察看被大司命发现，大司命将云中君杀死，之后大司命向赵高自荐执行阵法。
第54集
乾坤大阵实施中，赵高发现阵法有异，大司命本想趁机杀死赵高，没想反被赵高杀死，素影为救月儿身亡。天明突然爆发力量将赵高打入水中，但赵高虽受重伤却保住了性命。盖聂要天明在咸阳城制造恐慌，为刘邦入城创造机会。天明入宫劝说胡亥认清时势，胡亥这才得知秦军大势已失。胡亥去找赵高求证，却被赵高误杀，赵高对外称是叛军逼胡亥自杀。
第55集
见无论怎么解释子婴都是一副疯疯癫癫的样子，天明心中生疑，不知他究竟是装傻还是真的傻了。两人正在拉扯间，子婴偷偷在天明耳边说，不能走，扶苏的仇马上就可以报了。赵高派车马将子婴接到咸阳宫，又遣手下将献出新王求和的密信送给刘邦。得知赵高想要求和，盖聂说赵高毫无信用可言，若自己进了咸阳城，必将杀之以告故人亡魂。刘邦的想法与盖聂不谋而合，下令给将士多添战饭，明日一早出兵叩关。新王登基当天，子婴迟迟没有到达祭典会场，众大臣议论纷纷。大殿之上，子婴抱着娃娃，说是自己的儿子，装疯卖傻的称宫人要谋害自己和儿子，拒绝沐浴更衣，并用头撞击青铜雕像，以死相逼。赵高得知没人劝得动子婴，只得亲自来到大殿。赵高进入殿中，察觉气氛有些异常。子婴将鞋子置于帘子之下，吸引赵高的注意力，又趁其不备之时，从背后将其刺杀而死。公元前二零七年，子婴杀赵高即位为秦王，刘邦率义军破武关，兵临霸上，剑指咸阳城，天明、高月也与盖聂和端木蓉在城外汇合。做了四十六天秦王的子婴，为了咸阳不受战火屠戮，奉天子玺符，亲领百官出城向刘邦请降。项羽在前往咸阳的路上经过函谷关，被刘邦的部属阻拦，一怒之下闯关入驻鸿门。刘邦当初在函谷关设立驻军，并非有意阻拦项羽进军，而是担心其它反秦大军悄然过关，制造不必要的麻烦，所以才派出一支军队驻守函谷关，他万万没有料到自己的无心之举彻底激怒了项羽。荆天明唯恐楚军与汉军发生冲突，独自一人前往鸿门充当说客，劝说项羽与刘邦化解矛盾。项羽年轻气盛怒骂荆天明偏护刘邦，荆天明好心来做说客，被项羽骂了个狗头淋血，狼狈不堪。无奈之下告辞离去。他与高月双双失去了玉煞玉珪之力，已经沦为寻常血肉之躯，没有力量再力挽狂澜扭转楚军与汉军敌对的状态。竟然项羽不听劝告，他再浪费口舌已经没有意义，从此以后，他与项羽的情谊恐怕保不住了。项羽的至亲项伯与子房是故交，子房是刘邦的下属，刘邦已在无形中得罪了项羽，即将引火上身，给汉军带来一场浩劫。项伯冒着被项羽处罚的风险潜入汉营劝说子房逃走，子房事先告知了刘邦，让刘邦站在账外偷听，项伯见刘邦忽然进入营账，方才意识到上了子房的当。事已至此，项伯不便再怪罪子房。
第57集
项羽设下鸿门宴，邀请刘邦上门做客。刘邦向项羽表达效忠之意，入席饮酒食肉。范增席间拿起一块玉佩，假装观赏，向项羽传达杀掉刘邦的信号。项羽无视范境发出的信号，端起酒碗饮酒，没有砸碗唤出藏在营账内的刀斧手。项庄见项羽妇人之见不肯杀掉刘邦，心急如焚提出舞剑给众人助兴，暗中寻找杀掉刘邦的机会。樊哙保护刘邦心切，闯入营账欲与项庄交手。项羽与樊哙有交情，命人送上酒肉给攀哙，刘邦已被项庄吓得心惊肉跳，借口上茅厕逃走。项羽在关键时刻动了恻隐之心放走了刘邦，气得项庄与范增直跺脚，项羽的行为无疑是放虎归山，日后必然自食苦果。秦朝吞并六国统一天朝，其中包括楚国。项羽为了替国人报仇血恨，无视荆天明反对，公然处斩投降的子婴。子婴死于公元前206年，秦朝宣告灭亡，项羽不久之后自封为西楚霸王，主持诸侯分封。而刘邦则被项羽派往巴蜀汉中之地。项羽始终认为义帝是心中一患，于是发出密令，将迁徙的义帝击杀在途中。刘邦闻义帝死讯，便联络各路诸侯拔军夺回关中。
第58集
项羽没有想到虞姬会拔剑自刎，赶紧上前将其抱住。虞姬用尽最后一丝力气说，遇见他是自己一生最大的幸福，让他放心的去拼杀，不管多久，自己都愿意在九泉之下等着他。稍早之前，项羽曾找到卫庄，说自己明早要与汉军决一死战，托付他照顾虞美人。刘邦的骑兵追上项羽，两方展开了殊死搏斗。由于人数相差实在悬殊，项羽最后的两个部下也因保护自己而死。被逼入绝境的少羽不愿死在敌人之手，将枪杆插入地上，飞身跃向朝上的枪尖。临死之际，项羽眼中出现幻想，见到心爱的虞姬微笑着向自己伸出手。一切终于尘埃落定，刘邦登基称帝，与民休养生息，天下太平，盖聂、天明和墨家终于完成了使命。时光荏苒，盖聂和天明都已有了孩子。风和日丽的某一天，盖聂在亭中弹琴，卫庄静坐在一旁，二人品茶闲聊，笑谈世事纷争。经年的血雨腥风归于平静，一切因欲念而起的杀伐、一切痴缠不休的尔虞我诈都会被岁月所湮没。盖聂终于等到了梦寐以求的生活，慵懒、安宁、与世无争，闲坐抚琴、亲朋在侧，江湖远、天下安。
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