小智一行人，今天来到了以大溪谷景色闻名全世界的大傻谷了。这时，小智他们面前出现了许多拿着锄头的人，正在成群结对的往同一个方向前进。
小智：“这些人是干什么的啊？大傻谷到底发生什么事情了？”
小茂：“不会吧！你连这种大事都不晓得啊，小智。”小茂穿着一身跟美国西部的牛仔一样的服装，拿着锄头出现在小智的面前。
小智：“小茂。”小智的下巴都快到地上了，“你问什么打扮成这样啊？”
小茂：“因为这的地方发现了已经绝种的神奇宝贝化石。所以兴起了一阵寻找神奇宝贝化石的热潮。”
小智：“神奇宝贝的化石？”
小茂顿了一下说：“不行，再谈下去重要化石会被别人挖走的。我先走了~~”
小霞：“寻找几万年前就绝种的古代神奇宝贝化石，很浪漫耶！”
小智：“是哦~漫浪~”
小霞：“是浪漫！！！”
大傻谷，许许多多的人，在地下挖掘神奇宝贝的化石。这时，小茂挖掘的时候突然发现了一个像是化石的东西。那个东西是个圆形的，还有一圈圈的花纹，看起来和蜗牛的壳很想，小茂将那个东西拿了起来，大声说：“成功了，我得到神奇宝贝的化石了。”
这时，一个看起来很想考古学家的人，将小茂手中的化石拿过来，用放大镜仔细地看。
小茂：“怎么样啊，我第一次挖就挖到了。对了，你知道这是什么神奇宝贝的化石吗？”
考古学家：“这个是…”
小茂：“这个是…”小茂越来越兴奋。
考古学家：“这个是神奇宝贝的大便化石。”这句话一出，使得小茂倒下了
小智：“哇！没有想到来了这么多的人啊。”“皮卡。”小智和皮卡丘站在远方的岩石上感叹的说。
小霞：“动作不快一点，化石会被别人挖走的。”小霞着急的说
小刚：“可是这么多人在挖都挖不到，找到神奇宝贝话是这个传闻，搞不好是哪里搞错了吧。”小刚若有所思地说。
小智：“是这样吗？”
这时，小智他们的耳朵里响起了喵喵的声音。他们扭头一看，果然是火箭队的两人一猫组，他们要打算用炸药将大傻谷炸塌然后得到神奇宝贝的化石。听到这个消息的小智一行人，他们商量的结果是小智去阻止火箭队，小霞和小刚去通知下面挖化石的人们避开这里。
可是由于小智的漫不经心，小智并没有阻止住火箭队所点燃的导火索，而且还和火箭队掉进被炸药所炸裂的地下洞穴当中。就在火箭队三人在闹时，喵喵突然发现，在洞穴的黑暗的地方有些红色的眼睛，这样火箭队无比害怕，而小智早就知道了这些是化石神奇宝贝。
于是他拿出了神奇宝贝图鉴：“菊石兽，螺旋神奇宝贝，在远古就已经存在的神奇宝贝，一度被认为绝种了。可近些年研究他们一直栖息在一些地域，可以说是活化石。他们会调整壳内储存的空气量，从而达到在水中浮起或下沉。”
“多刺菊石兽，螺旋神奇宝贝，个性极为凶暴，一旦卷到猎物就绝不轻易放开触手，身上攻击性最强的是坚硬的牙齿，会咬碎猎物的壳，拾取里边的肉当做食物，无论再硬的东西都能轻松咬碎。”
“化石盔，龟甲神奇宝贝，从化石中复活过来的精灵，隐藏在海底，用背上的眼睛观察动静。”
“镰刀盔，龟甲神奇宝贝，是活在很久前的神奇宝贝，现在只能看到化石了”
火箭队：“啊！是远古神奇宝贝啊。”
小智：“他们的眼神不太好啊~”
火箭队：“这眼神~难不成，他们之前都在睡觉！！！”
小智：“应该是吧！你们把他们吵醒了~~准备承受他们的怒火吧！”
火箭队：“不要啊！！！”
镰刀盔们向小智等人冲了过来，小智对着皮卡丘说道：“皮卡丘，高压电击~~”皮卡丘的高压电击就好像子弹一样到处乱窜，镰刀盔们不一会儿就被打倒了。但是小智这攻击让他们更生气起来了！
就在镰刀盔们准备还手时，突然听到了一个声音，急急忙忙都逃跑了。
小智：“看来正主出现了~”
果然化石翼龙出现了，小智拿出神奇宝贝图鉴：“化石翼龙，化石神奇宝贝么，因为各地都有发现它们的化石，所以推测其古代时期时它们栖息的范围应该很广，虽然认为已经绝种，但偶尔还是会传出目击到它的报告。”
小智：“我们是时候上去了！出来吧，喷火龙！”喷火龙出现，两龙相遇，顿时火花四射！化石翼龙首先向喷火龙冲来
小智：“喷火龙，百万吨拳击！”喷火龙一拳打向化石翼龙，化石翼龙敏锐的举起手挡了下来，接着一口就像喷火龙咬了过来
小智：“避开他的攻击，瓦割！”喷火龙往另一边一让，避开了化石翼龙的咬咬攻击，然后瓦割使出
化石翼龙吃痛，瓦割是能破坏防御的招式，虽然化石翼龙没有使用防御招式，但是化石翼龙本身有岩石属性，被这招打中也是受伤蛮重
化石翼龙双翼一展，然后往喷火龙身上一扫，趁着喷火龙避开的时候，急忙往天空上冲去！刚才小智等人来时的洞顿时被打开了
小智：“喷火龙，追上去！”喷火龙也是双翼一展跟了上去。小智趁着这时候飞了起来，来到了洞口，然后抓住一块石头，借力跳了上去。这个场面让火箭队等人看的直楞
小智：“哎呀，忘记你们了！”小智突然看到了火箭队，于是转过身子单手往火箭队一挥，将他们空间挪移丢到了别的地方，顺便消掉他们的记忆。
喷火龙快速的冲向化石翼龙，然后一拳往化石翼龙攻去，化石翼龙闪避不及被打了下来。喷火龙乘胜追击，一招龙之怒攻去，龙系同时也是克制龙系，龙之怒一招顿时打败了化石翼龙。小智抛出宝贝球抓掉了化石翼龙。
小智来到了地上，看到了波克比的蛋，捡了起来，然后急忙找到小刚小霞，离开了这里。临走时，还用异能消除了所有人的记忆，让他们都忘了化石翼龙的事。
小智将自己捡来的波克比的蛋给了小霞，一行人又继续向红莲岛前进。
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